Если наводка на резкость была осуществлена на стекло, а не на объект за стеклом, то снимок не спасёт уже никакая обработка.
Если резкость была наведена правильно, то с ней должно быть всё в порядке.
А вот с цветами всё просто.
В большинстве случаев (если на стекле нет цветных бликов или отражений) достаточно просто правильно выставить точку чёрного.
Цвета сразу приобретают большую насыщенность, а снимок в целом выглядит более контрастно и привлекательно.
Вернуть чёрный на место можно разными способами.
Самый простой --- зайти в "Уровни", выбрать чёрную пипетку и ткнуть ей в то место на снимке где должен быть чёрный цвет.
Этот инструмент есть практически во всех графических редакторах, и продвинутых просмоторщиках.
Другой способ --- работа со слоями в режиме наложения "Умножение" по маске.
Это похоже на
"Проявитель" от Patternman-а
Только слоёв с режимом "Умножение" надо сделать больше, чем слоёв с режимом "Экран", или выставить им б
ольшую непрозрачность.
А так же, поскольку "Умножение" ещё больше затемняет тёмные участки изображения, надо исключить их из одного или нескольких слоёв "Умножения" с помощью маски.
Маску удобно получить сделав копию слоя и применив к ней "Порог", выделив затем весь чёрный (или белый) цвет и растушевав выделение.
Для слоя "Экран" тоже может понадобиться маска.
Предыдущее фото было сделано в режиме имитации плёнки Вельвия, который усиливает цвета и контраст настолько что в обычных условиях мы часто теряем детали в тенях.
Этот эффект при съёмке через стекло делает именно то что нам нужно --- возвращает чёрный на место.
Что-бы уложиться в ДД, который Вельвия сильно сокращает, пришлось выставить ДД400%.
Ну и уровень освещённости в аквариуме был выше освещённости в помещении, а это означает что большая часть света от стекла попадает в объектив проходя стекло на просвет, а не на отражение, т.е. стекло в таких условиях приносит меньше "дымки" чем обычно.
Вот Вам другой чисто учебный пример обработки снимка через стекло:
До обработки
После
А вот скриншот панели слоёв в GIMP-е
Непрозрачность слоя "Экран 2" около 50%, а слоя "Умножение 3" --- около 20%, у остальных слоёв --- 100%.
Если выложите образцы Ваших снимков попробую поколдовать и над ними.
Без обработки, и вторая : 
Чуть чуть сочнее и ярче чтоб значит на всех мониторах хорошо смотрелось ))) ;) 
Микроконтраст,резкость увеличились,но и х.а. немного тоже.Исходник страдал "акварельностью",а сдесь её значительно меньше.
